Sistema de ficheiros NTFS e FAT32
O NTFS possui capacidade de recuperação automática de alguns erros relacionados com o disco, que a FAT32 não possui, suporte melhorado para discos rígidos maiores e segurança melhorada, visto permitir a utilização de permissões e encriptação para restringir o acesso a ficheiros específicos por utilizadores aprovados.
A FAT32 não tem a segurança fornecida pelo NTFS, pelo que se tiver uma partição ou volume FAT32 no seu computador, qualquer utilizador que aceda ao computador poderá ler qualquer ficheiro existente neste. A FAT32 também tem limitações de tamanho. Não pode criar uma partição FAT32 com mais de 32GB em versões antigas do Windows e não pode armazenar um ficheiro com mais de 4GB numa partição FAT32.
Conversão de FAT32 para NTFS sem perda de dados e sem formatação
É possível converter em NTFS a partir da linha de comandos usando o comando convert.
Basta para isso digitar convert drive_letter: /fs:ntfs
Nota: uma vez convertido em NTFS, não é possível reverter a FAT.